Egy egészség munkacsoport
A munkacsoport kórokozók előfordulásával és terjedésével foglalkozik az emberi, állati és környezeti kompartmentek között az Egy Egészség elvnek megfelelően. Elsődleges kutatási feladatunknak a vad- és háziállatokban előforduló multirezisztens baktériumok előfordulásának és az emberi megbetegedésekkel való kapcsolatának felderítését és nyomon követését tartjuk. Ennek megértéséhez felhasználjuk a klasszikus mikrobiológia, a genomi epidemiológia és a farmakoepidemiológia módszereit. Kutatjuk a betegségek terjesztésében részt vevő ízeltlábú vektorok biológiáját a genomanalízis módszerével.
Bioinformatikai munkacsoport
A munkacsoport célja a modern számítógépes technológia használata segítségével a biológiai adatok és információk, például DNS-, RNS- és aminosav-szekvenciák elemzése, illetve az egyes elemzések hatékonyabbá tétele. A csoport a molekuláris laboratóriumi kutatómunkába az adatelemzés szintjén bekapcsolódva csatlakozik az intézet munkájához. A feladatok jelentős részét a második és harmadik generációs szekvenálási adatsorok genomi bioinformatikai és statisztikai elemzése, valamint az eredmények értékelése teszi ki. A munkacsoport tagjai tapasztalattal rendelkeznek a prokarióta és eukarióta genomikai és transzkriptomika területén is. Kiemelendő a csoport munkája a bioinformatikai kutatómunkában, így az olyan új bionformatikai eszközök fejlesztésében, amelyek lehetővé teszik egyes kutatási kérdések megválaszolását az adatsorok minél hatékonyabb elemzése által.
PlantDromics munkacsoport
Munkacsoportunkban a fenntartható növényvédelem szempontjából jelentős biostimuláns anyagok vizsgálatát végezzük gazdaságilag fontos kultúrnövényeken. Elsősorban a nővényi anyagcsere-útvonalak transzkriptomikai elemzésére fókuszálunk, különös tekintettel a védelmi mechanizmusokra és növény-patogén interakciók vizsgálatára. Munkánk során a kezelt növényekből származó biológiai mintákat új generációs szekvenálási technikák alkalmazásával vizsgáljuk. A bioinformatikai feldolgozás során a teljes génexpressziós profilozás mellett útvonalelemzéseket végzünk különböző adatbázisokban (pl. KEGG, Reactome, Plant reactome). Bizonyos anyagok szántóföldi tesztelése során együttműködő partnereink segítségével elvégezzük az állomány vitalitásának és egészségének felmérését drón technológiával, majd a távoli képalkotás során keletkezett képeket a képfeldolgozás informatikai módszereivel dolgozzuk fel és értékeljük ki (remote-sensing). Az így számolt vegetációs indexek hátterében zajló növényi anyagcsere-folyamatokat omikai módszerekkel is alátámasztjuk, támaszkodva a bioinformatikai munkacsoport segítségére.
Metagenomikai Intézet
Testvérintézményünk a Debreceni Egyetem Metagenomikai Intézete, amellyel nemcsak közös infrastruktúrát használunk, hanem a kutatás terén is nagyon szoros kapcsolatban állunk.
Kutatási együttműködések
- Állatorvostudományi Egyetem
- Ceva-phylaxia Zrt
- HUN-REN Állatorvostudományi Kutatóintézet
- HUN-REN Nyelvtudományi Kutatóközpont
- HUN-REN Ökológiai Kutatóközpont
- HUN-REN Szegedi Biológiai Kutatóközpont
- HUN-REN-DE Természetvédelmi Biológiai Kutatócsoport
- Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem
- MTA-DE “Lendület” Sejtmetabolizmus Kutatócsoport
- Nemzeti Népegészségügyi és Gyógyszerészeti Központ
- Pécsi Tudományegyetem Mikrobiológiai és Immunitástani Intézet